A) ALTERACIÓN DE LAS CARACTERÍSTICAS HIDROGRÁFICAS Y CALIDAD DEL AGUA. 

La excavación para la implantación bajo el fondo marino de las conducciones de captación y rechazo de agua marina, a unos 5 m de profundidad, puede suponer afecciones sobre la calidad del agua. 

La instalación de los tramos exteriores de las conducciones sobre el lecho marino también puede remover superficialmente el sedimento.

Los fragmentos de mayor peso y tamaño se asentarán rápidamente, pero las partículas finas menores pueden permanecer suspendidas un mayor tiempo, entre 24 a 48 horas, y pueden ser trasladadas por las corrientes marinas locales, creando un área de turbidez en la zona costera.

El empleo de embarcaciones, buzos y maquinaria para el fondeo de las conducciones aguas adentro podrán alterar localmente las características hidrográficas de la columna de agua, así como modificar su estructura termohalina. En caso de derrames accidentales de grasas o combustible, a estos efectos se les sumaría el vertido de sustancias contaminantes que alterarían la composición química del agua. Todos estos efectos son temporales y permanecerán durante el tiempo que dure las obras, que para el medio marino se estima en 3 meses. 

B) ALTERACIÓN Y ELIMINACIÓN DE COMUNIDADES BENTÓNICAS. 

Las obras necesarias para la instalación de las conducciones submarinas sobre el lecho marino (fondeo e instalación de conducciones y obra de toma) pueden afectar a las comunidades bentónicas presentes, bien por su eliminación directa en las zonas ocupadas, o bien bajo las conducciones lastradas en los tramos en que discurren apoyadas sobre el fondo.

Aunque en menor medida, las especies bentónicas más sensibles también pueden sufrir alteraciones asociadas a los cambios en la columna de agua que, como ya se ha descrito, tendrán escasa incidencia debido a la naturaleza del sustrato, pero serán significativas. Además de la cobertura vegetal, la macrofauna sésil (moluscos bivalvos, por ejemplo) y la de escasa movilidad (erizos, estrellas de mar, etc.) serán los elementos de las comunidades bentónicas más afectados. 

C) MOLESTIAS A ESPECIES PELÁGICAS.

Las especies pelágicas más sensibles que pueden verse afectadas por el Proyecto son cetáceos y tortugas marinas, comunes en las aguas del ámbito, sobre todo en verano, en zonas cercanas a la costa; así como algunas especies ícticas de interés comercial como el dorado, la lubina o la sama zapata. 

Por otro lado, los túnidos son especies muy sensibles a los cambios en la columna de agua, sobre todo al aumento de turbidez, que puede llevarlos a modificar su ruta migratoria. 

D) AFECCIÓN A ESPECIES PROTEGIDAS.

Entre las especies protegidas que pudieran verse afectadas figuran Cymodocea nodosa y Laurencia viridis, entre la flora, y el delfín mular (Tursiops truncatus), el calderón tropical (Globicephala macrorhynchus) y la tortuga boba (Caretta caretta).

E) ALTERACIÓN DE HÁBITATS DE INTERÉS COMUNITARIO.